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🧬 单细胞分析框架

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最流行的单细胞分析 Python 框架，scverse 生态核心

R 语言单细胞分析标准工具包，Satija Lab 出品

scvi-tools Python

基于深度学习的单细胞和空间组学概率分析框架

AnnData Python

单细胞数据标准存储格式（.h5ad）

单细胞轨迹分析经典工具

CellRank Python

基于多视角单细胞数据的细胞命运动态分析

超快速转录本定量工具

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RNA velocity 分析，推断细胞分化方向

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单细胞免疫组库（TCR/BCR）分析

端到端单细胞分析流水线

📡 细胞通讯分析

细胞间通讯推断、可视化和分析，支持空间转录组

预测细胞间活跃的配体-靶标调控关系

LIANA+ Python

一体化细胞通讯分析框架

CellPhoneDB Python

基于配体-受体数据库的细胞通讯分析

🗺️ 空间转录组分析

Squidpy Python

空间单细胞分析 Python 框架，scverse 生态

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空间转录组细胞类型鉴定和差异表达分析

Spateo Python

空间转录组时空建模

SOPA Python

通用空间组学分析流水线，支持 Xenium/Visium HD/MERSCOPE/CosMx 等

SpaGCN Python

基于图卷积网络的空间域识别和空间变异基因检测

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空间转录组数据的贝叶斯细胞分割

空间转录组分析工具箱

HEST Python

整合组织学和空间转录组（NeurIPS 2024）

高维加权基因共表达网络分析

Stereopy Python

华大 Stereo-seq 空间转录组分析框架

🤖 单细胞基础模型 (Foundation Models)

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单细胞多组学基础模型，支持细胞注释、基因扰动预测、多批次整合等

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基于 Transformer 的基因网络基础模型，支持细胞分类、基因调控网络推断（Nature 2023）

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基于 BERT 的单细胞注释预训练模型

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单细胞基础模型统一评估基准

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将单细胞数据转化为自然语言，用 LLM 做单细胞分析

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Novae Python

空间转录组图基础模型，零样本空间域推断

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Universal Cell Embeddings，跨物种跨组织的通用细胞嵌入

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百图生科 1 亿参数单细胞基础模型，覆盖 5000 万细胞

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单细胞分析深度学习库和基准平台

📊 可视化工具

出版级单细胞可视化

高效单细胞数据可视化

单细胞可视化和分析辅助函数集

色盲友好的单细胞/Bulk RNA-seq 可视化

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社区维护的单细胞软件和数据资源大全

单细胞 RNA-seq 分析软件汇总表

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